Исчезновение Харухи Судзумии

Наступает декабрь, и глава клуба SOS Судзумия Харухи решает, что Рождество будет проведено в комнате клуба с рождественским ужином. Все члены клуба с энтузиазмом принимаются за подготовку к празднику. Однако, через несколько дней, Кён начинает замечать странности в своей повседневной жизни. Разговоры с Танигути становятся непонятными, а тот внезапно заболевает и не помнит вчерашних событий.

В классе нет Харухи, а Рёко Асакура, которая должна быть мертвой, сидит на её месте и ведет себя как ни в чём не бывало. Микуру Асахина не узнает Кёна, а Нагато, которая должна быть инопланетянкой, теперь обычная девушка и единственный член литературного клуба. Все эти странности заставляют Кёна задуматься о реальности своего мира.

Кён понимает, что ни клуба SOS, ни Судзумии Харухи в этой школе никогда не существовало. Все, что он знал, оказывается ложью. Теперь ему предстоит разобраться в происходящем и найти способ вернуть всё на свои места. Но сможет ли он это сделать, когда реальность сама по себе становится непредсказуемой?